L'IRAD est administrée par deux organes : le Conseil d'Administration et la Direction Générale.

1 Le Conseil d'Administration

Il définit et oriente la politique générale de l'IRAD, et évalue sa gestion dans les limites fixées par son objet social. Le Conseil d'Administration comprend douze membres et est composé du président du conseil, des représentants de la Présidence de la République (un), de la Primature (un), des différents ministères (six), des producteurs (deux) et du personnel (un).

2 La Direction Général

Elle est placée sous l'autorité d'un Directeur Général assisté d'un Directeur Généra Adjoint.

La Direction Général comprend une Direction Scientifique et une Direction Administrative et Financière.

2.1 La Direction scientifique

Elle est chargée de coordonner l'élaboration des programmes de recherche, de suivre l'ensemble des activités scientifiques ainsi que des programmes, en vaillant à la cohérence des actions des différentes instances compétentes en matière de programmation et d'exécution. Elle comprend:

• Six coordinations donc 5 scientifiques : cultures annuelles, cultures pérennes, productions animales et halieutiques, forêt et environnement, systèmes de production/économie et sociologie rurales, et une nationale, chargée de la valorisation et les relations avec le développement ;
• Et trois services d'appui à la recherche :

•  information scientifique et technique,

•  biométrie et informatique,

•  coopération.

Chaque coordination scientifique assure dans son champ de compétence le bon fonctionnement et le suivi des programmes de recherche. Les coordinations travaillent sur vingt programmes de recherche animée par vingt chefs de programme.

2.2. La Direction Administrative et Financière

Elle pour mission le gestion administrative, financière et comptable de l'IRAD. A ce titre, elle est chargée de la préparation et du suivi de l'exécution du budget, de la tenue de la comptabilité, de la gestion des ressources humaines et matérielles, de la préparation des états financiers et de la centralisation des comptes de l'Institut.

Elle comprend :

•  le service administratif, financier et comptable,

•  le service du personnel et de la formation,

•  le service d'approvisionnement et de la maintenance.

2.3 Les organes de consultation

L'IRAD dispose de trois organes de consultation qui sont au niveau régional : les comités régionaux des programmes et, au niveau national le comité scientifique et le comité national des programmes.

2.3.1 Les Comités régionaux des programmes . Ils constituent l'outil primordial d'expression de la demande, permettant d'identifier et d'apprécier les priorités de la demande locale en termes de besoins de recherche.

2.3.2 Le Comité scientifique . Il assiste et conseil le Direction scientifique dans la définition et l'élaboration des programmes de recherches qui répondent aux besoins de recherche prioritaires retenus tant au niveau national qu'au niveau des comité régionaux des programmes.

2.3.3 Le Comité national des programmes . Il est chargé d'apprécier la pertinence

Des programmes de recherche de l'Institut ainsi que le budget, d'émettre un avis sur les résultats des opérations des recherche et de reformuler les recommandations sur les ressources humaines, matérielles et financières nécessaire pour l'exécution des programmes. Il assure l'exécution de ses missions sur la base des travaux des comités régionaux de recherche.

Le Comité national compte vingt membres repartis entre les représentants des différents ministères (sept), les présidents des comités régionaux des programmes (cinq), les institutions universitaires (un), les représentant de la chambre d'agriculture et de celle de commerce (deux) les milieux professionnels (quatre) et l'IRAD (un).